Фамилия Ванифадьева — женская форма фамилии Ванифадьев, которая встречается редко и имеет неочевидную, но прозрачную для этимолога историю. В основе фамилии лежит каноническое мужское имя Иван, но не напрямую, а через его разговорную, народную форму.

Ключ к разгадке — в имени Ванифадий. Это просторечная, диалектная переработка имени Вонифатий (или Бонифаций). В русской традиции имя Вонифатий (от латинского «благодетель») часто искажалось: начальное «Во-» или «Бо-» заменялось на «Ва-», а окончание упрощалось. Так появилось имя Ванифатий, а затем и его краткая, обиходная форма — Ванифад (с утратой конечного «-ий»). От неё и пошла фамилия: по модели «чей?» — Ванифадьев, то есть сын человека по имени Ванифад.

Суффикс -ев указывает на принадлежность к роду, а основа — на редкое крестильное имя. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Петров, Ванифадьевых в дореволюционной России было немного. Фамилия почти не встречается в центральных губерниях, а тяготеет к северным и северо-восточным регионам — туда, где старообрядческая среда дольше сохраняла архаичные формы имён. Встречаются варианты написания: Ванифатов, Ванифатьев, но Ванифадьев — более редкая и, возможно, более поздняя фиксация на слух.

Иногда фамилию ошибочно связывают с корнем «ваниль» или «ванильный», но это ложная ассоциация: имя Вонифатий не имеет к пряностям никакого отношения. Единственная правдоподобная версия — от крестильного имени, что подтверждается и фонетикой, и географией бытования. Носительница фамилии Ванифадьева может с высокой вероятностью считать своими предками крестьян или мещан из северных уездов, где имя Ванифад ещё в XIX веке давали детям, не обращая внимания на церковную норму.