Фамилия Ванифатовы (в мужском роде — Ванифатов) образована от имени собственного. В её основе лежит производная форма крестильного имени Вонифатий — Ванифат. Само имя Вонифатий восходит к латинскому слову, которое переводят как «благотворный» или «добрая судьба».

В народной среде полное церковное имя Вонифатий часто сокращали и переделывали на свой лад. Так появились более простые в произношении варианты: Ванифат, Ванифатий, Вонифат. От одной из таких обиходных форм — Ванифат — и пошла фамилия. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Ванифатов буквально означает «сын Ванифата» или «потомок Ванифата».

День памяти святого мученика Вонифатия приходится на 1 января. В народном календаре с этой датой связывали множество примет об урожае: ясная погода сулила хороший хлеб, звёздная ночь — урожай ягод, сильный мороз — тоже к урожаю, а вот тепло и отсутствие снега считались предвестниками неурожая.

Точное время и место возникновения фамилии Ванифатов установить сложно — русские фамилии формировались на протяжении нескольких столетий. Однако ясно, что она принадлежит к распространённому типу отчеств на -ов, которые закрепились в качестве наследственных прозвищ в XV–XVII веках.