Фамилия Вонифатьева — женская форма от Вонифатьев, и её редкость и есть первое, что бросается в глаза. Она образована от крестильного имени Вонифатий (или Онисим, в народной переделке), которое в православных святцах имеет значение «благодетель» или «творящий добро». Но в русской народной среде имя звучало иначе: через «о» и с ударением на второй слог — Вонифатий, а в быту часто превращалось в Онифатий или просто Онисим. Суффикс -ев в основе фамилии указывает на принадлежность: Вонифатьев — сын Вонифатия, то есть потомок человека, носившего это имя.

Интересно, что написание через «В» — не ошибка, а отражение старой русской орфографической нормы. В дореволюционных документах имя Вонифатий писали через «ѳ» (фиту), а в народе — через «ф» или «в». Фамилия Вонифатьева могла закрепиться в тех семьях, где имя отца записывали по церковнославянскому образцу, а не по простонародному «Онисимов». Это делает её более книжной и редкой по сравнению с массовыми Онисимовыми или Анисимовыми.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в центральных и северных губерниях России — там, где церковная традиция была сильнее и где приходские священники фиксировали имена строго по святцам. Встречаются также варианты Вонифатов, Вонифатский, но Вонифатьева — форма с патронимическим суффиксом, которая не перешла в разряд дворянских или купеческих, а осталась крестьянской или мещанской. В списках XVII–XVIII веков носители фамилии почти не упоминаются, что говорит о её позднем оформлении: вероятно, окончательно она закрепилась после отмены крепостного права, когда крестьянам массово давали фамилии по именам отцов.

Словообразовательная модель здесь простая: основа Вонифат- + суффикс -ев- (вариант -ов после мягкого согласного) + окончание -а. Мужская форма Вонифатьев склоняется по образцу притяжательных прилагательных, и в женском роде окончание -а не меняет смысла — это всё та же «принадлежность к роду Вонифатьевых». Споров о происхождении нет: корень однозначно восходит к имени, а не к прозвищу или профессии. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Вонифатий никогда не было популярным — его давали в основном в монашеской среде или по обету, а в крестьянских семьях предпочитали более простые формы.