Фамилия Ворохубенко — яркий пример восточноукраинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась на Левобережье и Слобожанщине. Суффикс -енко в таких фамилиях означает «маленький», «сын» или «потомок»: Ворохубенко — буквально «сын Ворохуба» или «потомок Ворохуба». Основа здесь — прозвище Ворохуб, которое и стало отправной точкой.

Само прозвище Ворохуб неочевидно и вызывает споры. Наиболее вероятная версия связывает его с украинским и южнорусским диалектным глаголом «ворохобить» — «шевелиться, возиться, суетиться», а также «беспокоить, тревожить». Отсюда «ворохоб» или «ворохуб» — человек непоседливый, суетливый, возможно, тот, кто постоянно вносит беспорядок или суматоху. В некоторых говорах слово могло означать и «ворчливого, брюзгливого» человека. Менее убедительна версия о связи с «ворохом» (кучей) — тогда прозвище могло бы относиться к работнику, который ворошит сено или зерно, но фонетически переход «ворох» → «ворохуб» сомнителен: суффикс -уб здесь нехарактерен.

Географически фамилия Ворохубенко привязана к Украине, преимущественно к центральным и восточным областям — Черниговщине, Полтавщине, Сумщине. В российских переписях XIX века она почти не встречается, что подтверждает её украинское происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были потомками казаков или крестьян, получивших прозвище за характер или поведение. Сословно это, вероятнее всего, казацкое или крестьянское прозвище, которое закрепилось как фамилия в эпоху, когда на Украине шёл массовый переход от прозвищ к наследственным фамилиям (XVII–XVIII века).

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко, которые часто образуются от крестильных имён (Иван → Иваненко) или профессий (Коваль → Коваленко), Ворохубенко стоит в ряду прозвищных фамилий, описывающих внутренние качества человека. Это делает её более редкой и ценной для этимолога — она сохраняет бытовую лексику, которая могла исчезнуть из живого языка. В современной Украине фамилия встречается, но нечасто; её носители могут проследить корни до тех регионов, где «ворохобить» было в ходу ещё в XIX веке.