Фамилия Ворожеина образована от женского прозвища Ворожея — так в старые времена называли женщину, занимавшуюся ворожбой, гаданием, знахарством. Основа фамилии — глагол «ворожить», то есть колдовать, предсказывать, заговаривать. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ворожеина буквально означает «дочь (или жена) Ворожеи». Такая модель типична для русских фамилий, произошедших от женских прозвищ, когда мужчина получал фамилию по матери или по занятиям женщин в роду.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мужских имён, Ворожеина — яркий пример отчества по матери. В русской деревне прозвище Ворожея могло закрепиться за женщиной, к которой ходили за советом, заговором от болезни или за помощью в любовных делах. Её дети и внуки становились Ворожеиными, и со временем прозвище превратилось в наследственную фамилию.

Встречается эта фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России — в тех местах, где знахарство и народная медицина были распространены особенно широко. В документах XVIII–XIX веков Ворожеины фиксируются среди крестьян и мещан, но не в высших сословиях: ворожба считалась занятием простых людей, а часто и вовсе преследовалась церковью.

Однокоренные фамилии — Ворожейкин, Ворожцов, Ворожбит — имеют ту же основу, но иные суффиксы. Ворожеина стоит особняком: она подчёркивает, что родоначальницей была именно женщина-ворожея, а не мужчина-ворожей или ворожбит. Это делает фамилию редкой и красноречивой: она прямо говорит о профессии предка, причём профессии необычной, связанной с тайным знанием.