Фамилия Вошкарин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с насекомым, а с ремеслом. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «вошь» (паразит), а «воск». В старых русских говорах слово «вошка» или «воща» означало воск, а «вошкарить» — заниматься воскобойным делом, добывать или обрабатывать воск. Предок носителя этой фамилии был воскобоем — человеком, который вытапливал воск из сот, делал свечи или торговал этим товаром. Такое занятие было почётным и прибыльным: воск шёл не только на церковные свечи, но и на бытовые нужды, а также на экспорт.

Суффикс -ин в фамилии Вошкарин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Вошкарин, то есть сын Вошкара. Само прозвище Вошкар (или Вошкарь) образовано от глагола с помощью продуктивного для названий профессий суффикса -арь (как бондарь, псарь, звонарь). Со временем безударный гласный в суффиксе мог редуцироваться, и на письме закрепился вариант Вошкарин вместо ожидаемого Вошкарев или Вощкарин.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где было развито бортничество и пчеловодство. Чаще всего Вошкарины встречаются в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Встречается и вариант написания с буквой «щ» — Вощарин, но он ещё более редок. С точки зрения словообразования это та же модель: Вощара — человек, работающий с воском.

В отличие от фамилий, образованных от имён или качеств человека, Вошкарин — яркий пример «профессиональной» фамилии, которая сразу сообщает о роде занятий предка. Таких фамилий в русском языке немного, и они особенно ценны для генеалогии: они не дают простора для догадок, а прямо указывают на конкретное дело. В данном случае — на воскобойное производство, которое в допетровской Руси было одним из важнейших промыслов.