Фамилия Вотченко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской ономастике указывает на потомка или принадлежность к роду. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Вотко, которое, в свою очередь, восходит к древнерусскому глаголу «вотькати» — втыкать, вонзать. Вряд ли здесь имеется в виду буквальное действие: скорее всего, прозвище Вотко давали человеку с резким, колким характером или тому, кто работал с острыми предметами — например, бондарю, вставляющему донца в бочки, или кузнецу.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «вотка» — так в некоторых говорах называли утку. Тогда Вотченко — это «сын Вотки», то есть человека, которого прозвали за походку или внешность, напоминающую утку. Однако для украинской среды такое прозвище встречается реже, чем производные от глагольных корней.

В исторических документах фамилия Вотченко встречается преимущественно на Левобережной Украине — в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях. Это типичная казацкая или крестьянская фамилия: суффикс -енко в XVII–XVIII веках активно использовался именно в среде реестрового казачества и свободных поселян, а не шляхты. Поэтому предки современных Вотченко, скорее всего, относились к казацкому сословию или к государственным крестьянам.

Если рассматривать фамилию в ряду однокоренных — Воткин, Воткалов, Вотчаев, — то Вотченко выделяется именно украинским происхождением. Русские варианты чаще заканчиваются на -ов или -ин, тогда как форма на -енко однозначно указывает на территорию современной Украины.

Спорных версий, требующих детального разбора, здесь нет: корень прозрачен, а суффикс типичен. Главное, что стоит запомнить: Вотченко — это не топонимическая фамилия (от названия местности) и не церковная, а чисто прозвищная, отражающая характер или занятие основателя рода.