Фамилия Воторина — женская форма, но её происхождение разбирают по мужскому варианту Воторин. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Втора. В древнерусском языке «втора» означало «второй» — так могли назвать второго сына в семье, чтобы отличать его от старшего брата. Подобные числовые имена (Первой, Вторак, Третьяк) были распространены на Руси до XVII века, пока церковь не начала активно вытеснять их крестильными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Воторин значит «сын Вторы» или «человек из рода Вторы». Это типичная патронимическая модель для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же часты, как на -ов. В отличие от южнорусских территорий, где преобладали фамилии на -енко, Воторин закрепился именно в зоне новгородского и владимирского влияния.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «воторить» — диалектного глагола со значением «повторять, вторить». Тогда прозвище Втора могли дать человеку с привычкой поддакивать или передразнивать собеседника. Но числовая гипотеза выглядит убедительнее, потому что в старых документах (писцовых книгах, переписях) имя Втора встречается именно в значении «второй ребёнок», а не как характеристика поведения.

В переписях XVII–XVIII веков фамилия Воторин фиксируется в Архангельской и Вологодской губерниях — это согласуется с ареалом бытования числовых имён. Сейчас носители фамилии рассеяны по всей России, но наибольшая плотность сохраняется в бывших новгородских землях. Встречается и вариант написания с одной «о» — Вторин, что лишь подтверждает связь с корнем «втор».