Фамилия Вовкодун — редкий случай, когда основа сразу бросается в глаза и вызывает вопросы. Она явно состоит из двух частей: «вовк» и «дун». Первая часть — это украинское или южнорусское диалектное слово «вовк», то есть волк. Вторая часть сложнее: «дун» может быть формой от «дуть» или «дунуть». Вместе прозвище Вовкодун, скорее всего, означало «тот, кто дует на волка» — то есть либо смельчак, способный отпугнуть хищника криком или выстрелом, либо пастух, который отгонял волков от стада с помощью шума. Менее вероятно, но возможно, что «дун» — искажённое «дон» или «дунай», но для фамилии такое объяснение слабое.

Суффикс в фамилии нулевой — она не получила типичного русского окончания -ов или -ин, а сохранилась в форме чистого прозвища. Это характерно для украинской ономастической традиции, где фамилии часто заканчиваются на согласный (Коваль, Гайдук, Вовкодун). В русской среде такую фамилию могли бы переделать в Вовкодунов, но по какой-то причине этого не произошло — возможно, носители переселились в великорусские земли уже после закрепления формы.

Географически фамилия тяготеет к западно- и центральноукраинским областям, а также к приграничным районам Беларуси. Встречается она редко, и в исторических источниках XVI–XVII веков не упоминается — скорее всего, возникла позже, в среде казачества или крестьянства. Социальный статус предков, вероятно, был невысок: прозвища такого типа давали людям, чья жизнь была связана с опасностью, скотом или лесными промыслами.

Словообразовательная модель Вовкодун — редкий пример двухкорневого прозвища с глагольной второй частью. Сравните с фамилиями вроде Гуляйполе или Вернигора, но там второй корень — существительное. Здесь же «дун» — это действие, что делает прозвище почти уникальным по конструкции. Если бы его перевели на русский, получилось бы что-то вроде «Волкодуй» или «Волкодунов», но таких фамилий в реестрах нет.