Фамилия Вовтин — редкий пример, когда прозвищное имя, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило в быту полное крестильное. В центре здесь стоит имя Вовтя — уменьшительная форма от Владимир. В русской народной среде имя Владимир сокращали по-разному: Володя, Вова, а в некоторых говорах — Вовтя, с характерным окончанием на -тя, которое придавало имени оттенок ласковости или просторечия. Именно от этой формы и образована фамилия с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность: Вовтин буквально значит «сын Вовти».

Интересно, что суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а/-я (как Пушкин, Гагарин), и Вовтин следует той же модели. Это отличает её от фамилий на -ов (Вовтов, например), которые образовывались бы от формы Вовт. Получается, что в основе лежит не краткая форма на согласный, а именно ласкательное или обиходное имя с гласным окончанием, что указывает на устную, семейную традицию именования.

Встречаемость фамилии невысока, и географически она тяготеет к центральным и южным регионам России, где формы на -тя были распространены. Вовтиными могли быть потомки крестьян или мещан, в среде которых имя Владимир было одним из самых популярных, а его просторечные варианты — естественной частью повседневного общения. Других прозрачных версий происхождения у фамилии нет: корень «вовт-» вне связи с именем Владимир не имеет самостоятельного значения ни в русском, ни в соседних славянских языках.