Фамилия Войнакова — женская форма фамилии Войнаков, и в её основе лежит прозвище или мирское имя Войнак. Корень здесь — «войн-», от слова «война» или «воин». Суффикс «-ак» в русских прозвищах часто придаёт оттенок характерности: Войнак — человек, склонный к спорам, дракам, или, напротив, воинственный, боевой. Встречается и другая версия: в некоторых говорах «войнак» означало «забияка», «драчун». Таким образом, предок носителя фамилии мог получить прозвище за свой неуживчивый нрав или за службу в ратном деле.

Фамилия Войнаков (и Войнакова) — относительно редкая. Она образована по стандартной патронимической модели: к основе на согласный добавлялся суффикс «-ов». В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии Войнов, Войников, но форма с суффиксом «-ак» встречается реже, что указывает на её возможное локальное бытование, например, в северных или центральных губерниях России.

Интересно, что в некоторых областях «Войнаком» могли назвать не только человека, но и коня — боевого, норовистого. В таком случае прозвище переходило на хозяина по метонимии: «чей конь Войнак, тот и сам Войнак». Эта версия, хоть и менее распространённая, имеет право на существование, но основным всё же остаётся прямое прозвище по характеру.

В написании фамилии возможны варианты с «я» после «в» — Войняков, но это уже иная, более редкая линия. Современные носители фамилии Войнакова могут с равной вероятностью происходить из крестьянской или служилой среды — прозвище не давало сословной привязки, а скорее описывало личное качество.