Фамилия Войненковы (в мужском варианте — Войненков) происходит от прозвища или нецерковного имени Воин. В древнерусской традиции имя Воин давали не только как прозвище военному человеку, но и как охранительное имя: считалось, что оно передаст ребёнку силу и отвагу, убережёт от бед. Встречаются и церковные записи, где священники по ошибке или неграмотности записывали младенца не каноническим именем святого, а его прозванием — так в святцах появились люди с официальными именами Воин, Войнал, Войник. Позднее эти личные имена и прозвища закрепились в качестве фамильной основы.

Модель образования фамилии — суффиксальная. Основа «Войненк-» содержит характерный восточнославянский суффикс -енк(о), который в украинской и южнорусской традиции указывал на потомка: Войненко — буквально «сын Воина» или «маленький Воин». Русское окончание -ов превратило украинскую по происхождению форму Войненко в фамилию Войненков, адаптированную под северные говоры. Такая двойная модель (суффикс -енко плюс -ов) встречается у фамилий, которые пришли в великорусскую среду из малороссийских земель в XVII–XVIII веках.

В отличие от более распространённых Воинов или Воинков, фамилия Войненков редкая. Она сохранила архаичную основу и указывает на то, что предок носителя мог быть выходцем с территорий современной Украины или юга России, где форма «Войненко» была обычной. В метрических книгах XIX века Войненковы встречаются в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях — как раз на стыке великорусского и малороссийского диалектов.

Не стоит путать фамилию с Войниковыми или Войналовскими: суффикс -енк(о) здесь ключевой — он снимает вопрос о возможном польском или литовском происхождении (где была бы форма Войневич). Войненковы — это стопроцентно восточнославянская фамилия, образованная от прямого названия военного человека.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс перехода прозвища в наследственное имя шёл несколько поколений. Однако по модели образования и географии бытования можно уверенно говорить, что Войненковы — потомки человека, которого в документах XVI–XVII веков записывали просто Воином.