Фамилия Войненков относит своего носителя к потомкам человека по прозвищу Воин. В основе фамилии лежит древнерусское слово «воин», и её носитель, скорее всего, происходит от человека, имевшего отношение к ратному делу. Однако прямое значение «военный деятель» — лишь первый, самый очевидный слой.

Интереснее здесь то, как прозвище Воин могло вообще появиться. В старину это слово могло быть не просто описанием профессии, а личным нецерковным именем. В дохристианской и раннехристианской Руси детей нередко нарекали именами-оберегами или именами-пожеланиями: Воин, Ждан, Неждан. Считалось, что имя Воин даст мальчику силу и удачу в бою. Позже, когда церковь стала строже следить за крещением, малограмотные священники иногда по ошибке или по привычке вписывали в метрики не каноническое имя святого, а привычное мирское прозвание — так имя Воин могло стать официальным.

Модель образования фамилии — типичная для восточнославянской ономастики: суффикс -енк- указывает на украинское или белорусское происхождение основы, а затем к ней добавился русский патронимический суффикс -ов. То есть Войненков — это «сын Войненка», а Войненок — уменьшительная форма от Воин, возможно, «младший Воин» или «сын Воина». Такая двойная суффиксация встречается реже, чем простые формы вроде Войнов или Воинов, и говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где смешивались украинская и великорусская традиции имяобразования.

Таким образом, предок Войненковых мог быть выходцем с южнорусских или украинских земель, а его прозвище Воин передалось сначала сыну как Войненок, а затем внуку — уже как фамилия Войненков. Само прозвище, помимо прямого указания на военную службу, могло отражать характер человека — драчливого, задиристого или, наоборот, стойкого и мужественного.