Фамилия Войнован — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое первое, что бросается в глаза: окончание -ан. В русских фамилиях оно встречается нечасто и обычно указывает на нерусское, чаще всего украинское или белорусское, происхождение. В украинском языке суффикс -ан (-ан) нередко образовывал прозвища от глаголов или имен, а также мог быть следствием полонизации (польское -an). Таким образом, география возникновения фамилии — скорее всего, западнорусские земли, входившие в состав Речи Посполитой.

Основа «Войнов-» прозрачна: это притяжательная форма от прозвища Война. В древнерусском языке «война» означала не только вооружённый конфликт, но и «воина», «ратника». Прозвище Война давали человеку воинственному, драчливому, либо тому, кто участвовал в походах. Следовательно, прямой предок носителя фамилии — человек по прозвищу Война. Фамилия Войнов — одна из самых распространённых в России, она образуется по стандартной патронимической модели: «чей?» — Войнов. Но Войнован — это не просто вариант, а совершенно другая словообразовательная конструкция.

Здесь работает редкая модель: к основе Войнов- добавили суффикс -ан. В украинской ономастике такой приём встречается: например, от фамилии Гриценко могли образовать Гриценчан, от Петров — Петрован. Суффикс -ан в этом случае выполняет роль дополнительного патронимического или фамильного показателя, подчёркивая принадлежность к роду. Иными словами, Войнован — это «сын Войнова», то есть внук того самого Войны. Фамилия как бы удвоила указание на родство: сначала через -ов, потом через -ан.

Есть и менее вероятная версия, что в основе лежит не прозвище, а тюркское имя или слово, но для неё нет надёжных подтверждений. В тюркских языках «вой» (бой) означает «богатый», а «нован» — заимствованный термин, но такое сращение маловероятно для славянской фамилии.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим, что типично для украинских фамилий на -ан. Войнованы могли жить на территории современной Украины или Беларуси, а затем, в ходе миграций XIX-XX веков, фамилия разошлась шире. Сейчас она встречается единично, и её носители, вероятно, потомки одного рода, разошедшегося по разным регионам.