Фамилия Войну — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, почти не изменилось при переходе в фамилию. Перед нами не переоформленная форма вроде Войнов или Войнин, а застывшая основа в именительном падеже. Такие фамилии типичны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где суффиксация была необязательна.

Корень «войн-» прямо указывает на древнерусское слово «война» или «воин». Но вряд ли фамилию дали человеку за участие в боевых действиях — слишком прямо и просто. В основе почти наверняка лежит мирское имя-прозвище Война. В древнерусской антропонимии такие имена давали с обережной целью: назвать ребёнка Войной значило пожелать ему силы и способности защитить себя, а не накликать войну. Известно, что в новгородских берестяных грамотах XIII–XIV веков встречается имя Война, и носители его были отнюдь не воинами, а крестьянами и ремесленниками.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «воить» (выть). В диалектах «война» могли называть плаксу или крикуна. Однако эта гипотеза слабее: большинство исследователей, от С. Б. Веселовского до Б. О. Унбегауна, склоняются к «воинской» этимологии мирского имени.

Особенность фамилии Войну — её окончание. Форма на -у (как Войну, Ковалю, Шевченку) характерна для украинской модели фамилий, где усечённая основа склоняется по образцу существительных мужского рода. В русском языке такую фамилию часто переделывали в Войнов, но исходный вариант сохранился в семьях, переселившихся из Малороссии или Белоруссии.

Географически фамилия Войну встречается в основном в западных областях Украины и на юге Беларуси, реже — в приграничных районах России. Носителей мало, и это делает фамилию своеобразным маркером: если вы встретили человека с такой фамилией, велика вероятность, что его предки жили на территории бывшего Речи Посполитой или Гетманщины.