Фамилия Войня — редкий случай, когда основа не оставляет простора для догадок, зато ставит вопрос о происхождении носителей. Корень здесь — «войн-», то есть воин, боец, ратник. Но если бы фамилия была образована в великорусской среде, она скорее получила бы суффикс -ов или -ин (Войнов, Войнин). Формант -ня выдаёт иную языковую почву.

Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, записанная по фонетическому принципу. В этих языках суффикс -ня часто образует прозвища или названия по характерному признаку: Войня — «тот, кто воюет», «драчун», «забияка». Такие прозвища давали не столько профессиональному солдату, сколько человеку с боевым, неуживчивым нравом. В польском языке тоже есть аналогичная модель: Wojnia — уменьшительное или прозвищное от Wojciech или просто от wojownik.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла закрепиться за выходцем из села или хутора с названием Войня. Такие топонимы встречаются в Западной Украине и в Польше, и происходят они от того же корня — место, где когда-то стоял военный пост или произошла битва.

По суффиксу и географии фамилия Войня тяготеет к западнорусским землям. В документах XIX века её носители — крестьяне и мещане Волынской, Подольской и Гродненской губерний. Среди дворянства фамилия не встречается, что подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение: предок получил кличку за характер, и она закрепилась за родом без изменений.