Фамилия Войтаков — наглядный пример того, как на русской почве приживалось имя из западного пограничья. В её основе лежит имя Войт, которое в свою очередь происходит от польского wójt или чешского fojt. В средневековой Польше и Чехии войтом называли деревенского старосту, судью или управляющего, которого назначал феодал. Корень здесь восходит к немецкому Vogt — «наместник», «опекун».

Словообразовательная модель у Войтакова простая и типичная для восточнославянских земель. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Войтаков — буквально «сын Войта» или «потомок Войта». А вот суффикс -ак в основе Войт-ак-ов — деталь, которая выдаёт невеликорусское происхождение. В русских фамилиях чаще встречается форма Войтов, без этого наращения. Суффикс -ак характерен для украинской и белорусской антропонимии: ср. Гайдак, Довгаль, Стецько. То есть Войтак — это сначала украинское или белорусское прозвище или уменьшительное имя, а уже от него образована фамилия Войтаков.

Если смотреть шире, то фамилия Войтаков входит в гнездо родственных: Войтов, Войтенко, Войтко, Войтович. Все они восходят к одному корню, но различаются по географии и способу образования. Войтаков — более редкий вариант, тяготеющий к западнорусским и украинским землям, особенно к бывшим территориям Речи Посполитой.

Таким образом, предок носителя фамилии Войтаков с большой вероятностью был либо сам войтом — выборным или назначенным старостой, либо же получил это прозвище по должности отца или деда. Фамилия закрепилась в тех краях, где польское и украинское влияние переплеталось с русским, и со временем вошла в общерусский именослов.