Фамилия Войталя — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти однозначно, а вот с корнем возможны варианты. Её основа, скорее всего, восходит к польскому или западноукраинскому имени Wojciech (Войцех), которое в просторечии сокращали до Wojtek (Войтек), а от него образовывали обиходные формы вроде Wojtała. На это указывает и типичный для польской ономастики суффикс -аля, который часто прикрепляли к именам для обозначения человека по отцу или по характерному признаку.

Вторая версия, хотя и менее вероятная, отсылает к слову «войт» — так в средневековой Польше, Литве и на западнорусских землях называли деревенского старосту или судью. Если фамилия образована от этой должности, то Войталя могло означать «сын войта» или «человек, работающий на войта». Однако против этой гипотезы говорит тот факт, что от «войта» чаще образовывали фамилии с суффиксом -ович или -ский (Войтович, Войтовский), а не с -аля.

Сама модель с суффиксом -аля в русских фамилиях почти не встречается — она характерна для польской и белорусской традиции. В польском языке это уменьшительно-ласкательная или фамильярная форма, как, например, в фамилиях Коваля (от коваль — кузнец) или Маталя (от Матей). Поэтому носитель фамилии Войталя с высокой вероятностью происходит из регионов, где польский или белорусский языки были распространены: современная Западная Украина, Беларусь, восточные воеводства Польши.

Словообразовательная цепочка проста: имя Wojciech → Wojtek → Wojtała. Фамилия закрепилась как прозвище или отчество, отвечающее на вопрос «чей?» или «какой?». В документах она могла писаться по-разному: Войтала, Войтоля, Войталя — в зависимости от местного произношения и усилий писаря. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, представляют одну или несколько родственных ветвей, разошедшихся по разным странам в XIX–XX веках.