Фамилия Войтанец — один из ярких примеров того, как польская или западноукраинская основа «переехала» на восток вместе с носителем и получила местный суффикс. Её корень — Войт- (польск. wójt, укр. війт), что значит «староста», «деревенский старшина» или «судебный чиновник» в средневековой Польше и Речи Посполитой. Войт управлял селом, вершил суд, собирал налоги — должность заметная и небедная. Прозвище Войт давали либо по службе, либо в насмешку человеку, который вёл себя начальственно. От этого прозвища пошли десятки фамилий: польские Войтович, Войтек, украинские Войтенко, белорусские Войтов.

Войтанец выделяется суффиксом -анец. Это не самая частая модель в русских фамилиях, но она встречается на западе — в Беларуси, на Западной Украине, а также среди поляков. Суффикс -анец (как в фамилиях Дворанец, Кованец) часто указывает на принадлежность к определённому месту или роду занятий, но в данном случае он скорее уменьшительный или патронимический: «сын Войта» или «маленький Войт». Правдоподобнее всего, что фамилия сложилась на территории современной Западной Украины или юго-восточной Польши, где польская административная лексика смешивалась с местными говорами.

В некоторых говорах слово «войт» звучало как «вуйт» или «уйт», поэтому возможны варианты написания: Вуйтанец, Уйтанец. Но в русской записи закрепилась форма через «о» — Войтанец. Фамилия редкая, в дореволюционных списках почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении или локальном бытовании в пределах одной-двух волостей. Носители, скорее всего, происходят из крестьян или мелкой шляхты, которая в XVII–XVIII веках осела на землях, отошедших к Российской империи после разделов Польши.

Сравните с однокоренными: Войтов — более массовая русская фамилия, Войткевич — типично польская с литовским оттенком, Войцеховский — от имени Войцех. Войтанец стоит особняком: она не переделана под русский суффикс -ов, а сохранена в форме, характерной для западнорусских земель. Если ваши предки носили эту фамилию, велика вероятность, что они жили на границе современных Брестской или Волынской областей, а род занятий семьи мог быть связан с местным самоуправлением или судейством — пусть и на деревенском уровне.