Фамилия Войтанников — редкая модель, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами не типичное -ов/-ев, а -ников. Такие фамилии обычно образовывались от названия профессии или ремесла с суффиксом -ник: охотник — Охотников, сапожник — Сапожников. Значит, в основе лежало слово «войтанник» — человек, связанный с «войтом».

Войт (от немецкого Vogt — управляющий, староста) — должность в средневековых городах и сёлах западных и юго-западных земель Руси, особенно в Речи Посполитой. Войт выполнял административные или судебные функции. От него и пошло прозвище Войтан — вероятно, сын или подчинённый войта, либо человек, живший на земле, подвластной войту. А «войтанник» — тот, кто служил при войте или носил прозвище по этому признаку.

Таким образом, первый носитель фамилии Войтанников — скорее всего, выходец из западнорусских или украинско-белорусских земель, где институт войта был распространён. В центральной и северной России эта фамилия почти не встречается: там должность называлась иначе (староста, посадник). Войтанников — осевший вариант, который закрепился за потомками человека, которого в округе знали как «войтанник» (помощник войта или человек с прозвищем Войтан).

В написании фамилии есть одна особенность: двойное «н» в суффиксе (-анник-). Это указывает на то, что исходное слово имело суффикс -ник, а не -ан. То есть «войтанник» — не просто «относящийся к Войтану», а «человек, названный по Войтану». Встречаются однокоренные фамилии Войтанов, Войтанович, Войтенко — они образованы проще, без дополнительного суффикса. Войтанников среди них самая редкая и сложная по структуре.

Сословно фамилия не элитарная: войтанники не были дворянами, скорее мещанами или государственными крестьянами. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — она осталась в узком кругу, в основном на юго-западе бывшей Российской империи.