Фамилия Войтаников — редкий пример, когда географический и языковой следы ведут в одну точку: в белорусско-польское пограничье. Её основа — имя Войтан, вариант крестильного имени Войтех (чешско-польская форма, соответствующая русскому Адальберт). В белорусских и польских говорах имя Войтех нередко сокращали до Войтко, Войтан, а от них уже образовывали фамилии.

Суффикс -иков в русской модели указывает на принадлежность: Войтаников буквально значит «сын Войтаника». Но сам Войтаник — это не имя, а уже вторичная форма, уменьшительное от Войтан с тем же суффиксом -ик. То есть цепочка такая: Войтех → Войтан → Войтаник → Войтаников. Фамилия фиксирует не просто отчество, а отчество от уменьшительного имени, что типично для восточнославянской традиции, но здесь с явным западнославянским корнем.

Носители фамилии сосредоточены в основном на юго-западе Беларуси (Брестская, Гродненская области) и в прилегающих районах Польши. В России фамилия редкая, встречается в основном у потомков переселенцев с Западной Руси. Интересно, что в польском языке аналог выглядел бы как Wojtanikowicz, но русская адаптация отсекла польский суффикс -owicz, заменив его на -ов.

Ударение в фамилии плавающее: в русском языке чаще падает на второй слог (Войта́ников), в белорусском — на первый (Во́йтаников). Это отражает разную интонацию при произнесении исходного имени Войтан. Социально предки могли быть крестьянами или мещанами униатских земель Речи Посполитой, где имя Войтех было распространено благодаря католическому святому Войтеху (Адальберту Пражскому).