Фамилия Вождаенко образована по той же модели, что и тысячи украинских фамилий на -енко: исходно она значила «сын Вождая» или «потомок Вождая». Суффикс -енко в XVI–XVII веках был типичен для Поднепровья, Слобожанщины и Запорожья и указывал на прямое родство по мужской линии — примерно как русское -ович или польское -ич. Поэтому носитель фамилии Вождаенко — потомок человека, которого в народе звали Вождай.

Корень здесь — «вождь» или «вожатый». В древнерусском языке «вожь» означал предводителя, руководителя, того, кто ведёт за собой. Форма Вождай — это народно-разговорный вариант с суффиксом -ай, который в восточнославянской антропонимии часто придавал прозвищу оттенок деятеля или носителя качества (сравните: Мазай от «мазать», Ломай от «ломать»). Соответственно, Вождай — это либо человек, который водил, руководил, либо тот, кто получил прозвище за свою властность или лидерские черты. Прямой связи с воинским званием или официальным титулом нет: в крестьянской и казацкой среде прозвища такого рода давали за характер, а не за должность.

Географически фамилия Вождаенко тяготеет к южнорусским и украинским областям: чаще всего она встречается в бывших землях Войска Запорожского, а также на Кубани, куда в конце XVIII — XIX веке переселялись черноморские казаки. Это косвенно подтверждает, что прозвище Вождай могло возникнуть в казацкой среде, где ценились вожаки и атаманы. В центральных великорусских губерниях фамилия почти не фиксируется — её ареал указывает на украинское происхождение модели.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Вождай → патроним Вождаенко. Аналогичные фамилии — Вожаев, Вожжов, Вожин — образованы от тех же корней, но с другими суффиксами, а Вождаенко стоит в ряду типичных украинских фамилий на -енко, таких как Иваненко, Петренко, Шевченко. Если Иваненко буквально означало «сын Ивана», то Вождаенко — «сын Вождая». Никакой иной, более сложной этимологии у фамилии нет: спорные версии, связывающие её с «вожжами» или «вожаком» в значении погонщика, менее вероятны, поскольку в говорах «вождай» как самостоятельное слово не зафиксировано, а прозвища от названия конской упряжи встречаются реже, чем от лидерских качеств.

Таким образом, фамилия Вождаенко — это украинский патроним XVII–XVIII веков, указывающий на предка по прозвищу Вождай, то есть вожака, предводителя. Она не содержит указания на сословие (её носили и казаки, и крестьяне), но её форма и ареал говорят о южнорусских корнях рода.