Фамилия Вождакин образована от прозвища или нецерковного имени Вождака. Слово «вождака» в русских говорах означает «вожак», «предводитель», «тот, кто ведёт за собой». Корень «вожд-» — тот же, что в словах «вождь», «вождение». Суффикс «-ака» придаёт слову оттенок действия или свойства: так называли человека, который постоянно берёт на себя роль ведущего — в работе, в походе, в ватаге. Соответственно, Вождака — это прозвище активного, инициативного, возможно, немного властного человека.

Модель образования фамилии — типичная для восточнорусских и поволжских земель: основа на -а (Вождак-) плюс притяжательный суффикс -ин. Фамилии на -ин в этой зоне часто возникали от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Важно, что суффикс -ака в прозвищах встречается не так часто, как, скажем, -яга или -ута, поэтому Вождакин стоит в ряду сравнительно редких фамилий с такой словообразовательной основой.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России. В переписях XVII–XVIII веков Вождакины упоминаются среди крестьян и посадских людей Вятской губернии, а также в Пермском крае. Это не случайно: в этих регионах прозвища, образованные от глагольных корней с активным значением, были особенно распространены. Вождакин — не дворянская, не купеческая фамилия; её носители, судя по доступным источникам, в основном принадлежали к черносошному крестьянству и государственным ремесленникам.

Версия о связи фамилии с тюркским корнем (например, от «вожда» — «племя») маловероятна. Фонетически и семантически прозвище Вождака естественно ложится в славянскую словообразовательную модель, а тюркское влияние в этом случае не подтверждается ни формой, ни ареалом бытования. Таким образом, Вождакин — это «сын вожака», фамилия, которая прямо указывает на характер или социальную роль предка.