Фамилия Вождайкина — женская форма фамилии Вождайкин. В основе этой фамилии лежит редкое прозвище или неканоническое личное имя Вождайка. Чтобы понять его значение, нужно отбросить типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ин и присмотреться к корню.

Корень «вожд-» прямо указывает на древнерусское слово «вождь» — предводитель, воевода, руководитель. В старину «вождаем» называли того, кто ведёт за собой, указывает путь. Скорее всего, Вождайкой прозвали человека, который брал на себя роль заводилы: на охоте, в походе, в споре или даже в крестьянском труде. Уменьшительный суффикс -айк- (как в именах Малайка, Шутайка) придаёт прозвищу оттенок фамильярности или ласкательности — так могли звать «маленького вождя», младшего в семье или невысокого ростом, но бойкого парня.

Версия о происхождении от тюркского или мордовского имени маловероятна, хотя суффикс -ай- встречается в финно-угорских языках. Дело в том, что в мордовской ономастике нет корня, близкого к «вождай», а в тюркских языках «вождь» передаётся совсем другими словами. Поэтому прозвище, образованное по чисто русской модели от славянской лексики, — самая надёжная гипотеза.

Географически фамилия Вождайкина встречается в основном в Поволжье, особенно в Мордовии и Нижегородской области. Это не случайно: именно там, на стыке славянских и финно-угорских земель, часто возникали прозвища, которые сочетали русский корень с местными уменьшительными суффиксами. Носитель фамилии мог быть потомком крестьянина-старосты, ватажного атамана или просто бойкого мужика, которого за характер прозвали «вождайкой». Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её суффиксом -ин — типичным для простонародья.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «д»: в разговорной речи её часто заменяют на «ж» (Вожайкина), но исторически верная форма сохраняет корневое «д», что и даёт прямую отсылку к слову «вождь».