Фамилия Вожакина — женская форма, а её мужской вариант Вожакин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Вожак. В русских говорах «вожак» — это не только тот, кто ведёт за собой, но и проводник, предводитель, старший в каком-либо деле. В некоторых регионах «вожаком» называли пастуха, который вёл стадо, или лоцмана, проводившего суда по сложному фарватеру.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность. Вожакин — буквально «сын Вожака», то есть потомок человека, носившего такое прозвище. Это типичная «посессивная» фамилия, характерная для северных и центральных русских областей, где фамилии на -ин широко распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются на юге и востоке, Вожакин — вариант, более вероятный для регионов, где активно бытовала «вожацкая» терминология: например, в Поволжье или на Русском Севере, где речное судоходство и отгонное скотоводство требовали опытных вожаков.

Стоит отметить, что прозвище Вожак могло закрепиться не только за реальным руководителем, но и за человеком с лидерскими замашками, заводилой. В этом смысле фамилия несёт оттенок уважения или, наоборот, иронии — смотря в какой среде прозвище возникло. Встречаются и однокоренные фамилии: Вожаков, Вожатов, Вожжов, но Вожакин выделяется именно суффиксом -ин, который подчёркивает прямую родовую связь: «чей? — Вожакин».

В дореволюционных переписях и метриках фамилия Вожакин (и Вожакина) фиксируется эпизодически, без массового распространения. Это не редкая, но и не частая фамилия, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного или нескольких очагов в разных губерниях. Словарь Б. Унбегауна не выделяет её отдельно, но модель образования полностью укладывается в описанные им принципы русских фамилий на -ин от прозвищ.