Фамилия Вожакова — это женская форма, но в разговоре о происхождении удобнее опираться на мужской вариант Вожаков. В основе фамилии лежит прозвище Вожак. Согласно словарю Владимира Даля, вожак — это «тот, кто водит за собой кого-нибудь». Слово многозначное: им называли и предводителя войска, и поводыря, и того, кто водил напоказ дрессированных зверей. Так что предок-основатель мог быть и военачальником, и бродячим дрессировщиком.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: прозвище плюс суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Вожаков — значит «сын Вожака» или «из семьи Вожака». Такая модель типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках, хотя отдельные прозвища закреплялись и позже.

С фамилией Вожаковых связано семейное предание. Якобы прозвище Вожак было пожаловано прадеду одного из потомков самим императором Александром I за участие в Отечественной войне 1812 года — как вожаку народного ополчения против Наполеона. Проверить эту легенду по документам сложно, но она объясняет, почему прозвище могло закрепиться официально и перейти в фамилию. Если предание правдиво, то фамилия возникла не в крестьянской среде, а среди ополченцев или мещан, получивших именование отличием на службе.

Встречаются и однокоренные фамилии: Вожаков, Вожачкин, Вожаковский. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами и, возможно, регионом возникновения. Вожакова — форма женского рода, которая в официальных документах закрепилась за женщинами, но в быту могла передаваться и детям по материнской линии.

География фамилии неширокая: Вожаковы встречаются в центральных областях России, а также на Урале, куда фамилия могла попасть с переселенцами. Точных данных о численности нет, но фамилия редкая, что говорит о локальном происхождении и, возможно, о едином корне для многих носителей.