Фамилия Вожаков — типичный пример «отчества второго порядка»: её основа — прозвище Вожак, а суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Вожаков, то есть сын или потомок Вожака). Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ов закрепились у крестьян и мещан позже, чем у дворян, но к XIX веку стали основным способом родового именования.

Само прозвище Вожак в словаре Владимира Даля имеет два основных значения. Первое — «тот, кто водит за собой кого-нибудь», то есть проводник или предводитель. Второе, более узкое — «поводчик», человек, который водит напоказ дрессированных зверей (медведей, козлов). Оба значения могли стать источником прозвища, но в народной среде чаще встречается первая трактовка: Вожаком называли либо выборного предводителя в походе, либо того, кто брал на себя ответственность вести группу людей в опасном или незнакомом деле.

Семейное предание, связанное с этой фамилией, добавляет конкретный исторический контекст. Согласно ему, прозвище Вожак было пожаловано прадеду одного из родов Вожаковых самим императором Александром I за участие в Отечественной войне 1812 года — как вожаку народного ополчения против Наполеона. Если эта версия верна, то исходное прозвище закрепилось не стихийно, а как почётное именование, данное свыше. Правда, документальных подтверждений этому обычно не сохранилось, и для большинства носителей фамилии более вероятно бытовое происхождение — от человека, который в своей деревне или артели постоянно был заводилой, организатором или проводником.

Фамилия Вожаков встречается нечасто. Её очаги — центральные области России, особенно бывшие территории Владимирской и Ярославской губерний, а также южный Урал, куда фамилия могла попасть с переселенцами. Однокоренные фамилии — Вожакин, Вожаковский, Вожатых — различаются суффиксами, но восходят к тому же корню «вож-» (водить, вести). Вожаков — самая распространённая из них.