Фамилия Вожакин образована от прозвища или нецерковного имени Вожака. В русских говорах слово «вожак» означало «предводитель, проводник, тот, кто ведёт». Прозвище Вожака мог получить человек, который водил слепого нищего, вёл обоз, указывал дорогу в незнакомой местности или руководил артелью, — словом, тот, кто брал на себя роль ведущего. Фамилии на -ин традиционно образовывались от основ на -а/-я, поэтому Вожакин — это буквально «сын или потомок Вожаки».

Словообразовательная модель типична для северных и центральных областей России, где суффикс -ин широко использовался в крестьянской среде. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще возникали от имён и прозвищ на твёрдый согласный, Вожакин указывает на мягкий исходный вариант прозвища.

Встречаются и более редкие трактовки. В некоторых диалектах «вожак» могло относиться к вожжам — части конской упряжи. В таком случае прозвище мог получить извозчик, кучер или человек, связанный с лошадьми. Однако эта версия менее вероятна: прямое значение «ведущий» встречается повсеместно и объясняет фамилию проще.

Фамилия Вожакин фиксируется в документах с XVII века, преимущественно на территории бывшего Владимирского и Костромского уездов. Она не относится к числу распространённых дворянских фамилий — скорее всего, её носили крестьяне и посадские люди. В современной России Вожакины встречаются нечасто, но сохраняют связь с северо-восточными областями страны.