Фамилия Вычегин образована не от имени, а от прозвища или географического названия. Корень «вычег-» сразу отсылает к реке Вычегда на севере Европейской России, впадающей в Северную Двину. Такая связь — не случайность: фамилии, построенные по модели «название реки + суффикс -ин», типичны для русского Севера и Поморья. Вычегин, скорее всего, означает «живущий на Вычегде» или «выходец с Вычегды». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — вычегский, с Вычегды.

Менее вероятна, но возможна версия от древнерусского некалендарного имени Вычега. В старину так могли называть человека, связанного с рекой — либо по месту жительства, либо по роду занятий (например, лоцман, рыбак или лесосплавщик). Однако в доступных ономастических словарях (в том числе у Б. Унбегауна) личное имя «Вычега» не фиксируется, а фамилии на -ин от рек — явление частое и хорошо описанное.

География бытования фамилии подтверждает северное происхождение. Вычегины встречаются в Архангельской, Вологодской областях, в Республике Коми — то есть как раз в бассейне Вычегды и прилегающих территориях. В центральных и южных регионах России фамилия редка, что делает её локальным маркером северорусского происхождения.

Ударение в фамилии, по правилам русской орфоэпии, падает на второй слог — Выче́гин, хотя в местных говорах возможно смещение на первый. В написании встречается вариант «Вычегин» с буквой «е» в корне, что соответствует литературной норме; путаница с «ё» маловероятна, так как в слове «Вычегда» нет ё.

Сословная принадлежность предков-Вычегиных не определена: фамилия могла возникнуть и у крестьян, и у мещан, и у речников. Никаких дворянских родов с такой фамилией в «Общем гербовнике» не значится. Известных носителей, оставивших заметный след в истории, нет — фамилия остаётся бытовой, народной, что для северных фамилий типично.