Фамилия Вычужина неоднозначна по происхождению, и ономасты предлагают как минимум два объяснения, каждое из которых ведёт к разному портрету предка.

Первая и самая прямая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «вычужать». В говорах Саратовской области и Сибири это слово означало «придумывать затейливое», «чудить», «выдумывать». От него образовалось прозвище Вычужа — так могли назвать затейника, хитроумного человека или просто чудака, чьё поведение выделялось на фоне окружающих. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «Вычужина» буквально значит «дочь (или жена) Вычужи», а в более широком смысле — потомок того самого затейника.

Вторая версия сложнее и интереснее. Она предполагает, что Вычужина — это фонетический вариант фамилии Вичужина. А та, в свою очередь, восходит к топониму Вичуга. Так называется река в Ивановской области и стоящий на ней город. Название реки финно-угорское, его расшифровывают как «река, поросшая лозой». Выходит, что основатель рода мог быть выходцем с берегов этой реки, а прозвище или именование по месту жительства со временем закрепилось за его потомками.

В XV–XVI веках, когда на Руси начинали складываться фамилии, прозвище человека оформляли разными суффиксами — принадлежности (-ов, -ев, -ин), отчества (-ович, -евич) и другими. В случае с Вычужиной сработал самый распространённый для женских фамилий формант -ин, который в мужском варианте дал бы Вычужин.

Среди реальных носителей фамилии стоит упомянуть Вычужину Николая Егоровича, 1904 года рождения, уроженца Енисейской губернии, который работал лаборантом в тресте «Военстрой» и внесён в Книгу памяти Алтайского края. А также хлебопашца Вычужина Николая Павловича, родившегося в 1871 году в селе Башмачное Восточно-Казахстанской области, — его данные сохранила Книга памяти Павлодарской области. Оба примера показывают, что фамилия бытовала в Сибири и на Алтае, что косвенно поддерживает версию о диалектном глаголе «вычужать», распространённом именно в тех краях.