Фамилия Выгановская — женская форма фамилии Выгановский, и её основа почти наверняка связана с географическим названием. В русской ономастике фамилии на -ский/-цкий традиционно указывали на происхождение из определённой местности: так называли дворян по их вотчинам, а позже — священников и мещан по месту рождения или службы. Корень «Выган-» ведёт к топониму Выганово или Выганова — такие деревни и хутора встречаются в западных и северо-западных областях России, а также в Беларуси. Само название, скорее всего, произошло от прозвища или некалендарного имени Выган: в старорусских говорах «выган» означало пастбище, выгон для скота, но могло быть и личным именем-оберегом (от глагола «выгонять» — изгонять беду). Таким образом, предок носителя фамилии был либо владельцем или жителем деревни Выганово, либо выходцем оттуда.

Менее вероятна, но возможна версия, что основа восходит к слову «выгон» в значении «пастух» или «тот, кто выгоняет скот». Однако суффикс -ов-ский в этом случае выглядит искусственным — чаще прямое прозвище давало фамилии типа Выганов или Выгонный. Форма Выгановский явно вторична, топонимична. В польском языке есть фамилия Wyganowski (от названия местности Wyganów), и через польско-литовское влияние она могла попасть в восточнославянскую среду, особенно в регионах бывшей Речи Посполитой — на Смоленщине, в Беларуси, на Украине.

Сословно фамилия не обязательно дворянская: в XIX веке фамилии на -ский активно давали выпускникам духовных семинарий (семинарские фамилии), а также мещанам и крестьянам, переселявшимся в города и бравшим фамилию по месту прежнего жительства. Поэтому Выгановская могла принадлежать как дочери священника, так и крестьянке, вышедшей из деревни Выганово. Точных исторических данных о конкретном роде нет, но этимология ясна: фамилия — географический маркер, привязанный к небольшому поселению, название которого стёрлось с карты, но сохранилось в родовом имени.