Фамилия Выганова — женская форма, а мужская, Выганов, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Выганов, то есть сын или потомок Выгана. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Выган.

Корень слова — «выга» или «выг» — неочевиден и вызывает споры. Самая прямая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «выгать» — в некоторых говорах это значит «выть, завывать» или, наоборот, «громко кричать, звать». Тогда прозвище Выган могли дать человеку с громким голосом, плаксивому, либо тому, кто работал зазывалой или пастухом (пастухи часто перекликались). Менее вероятная, но встречающаяся гипотеза — от тюркского «байган» (богатый, знатный), переосмысленного на русской почве: звук «б» мог перейти в «в», а «й» исчезнуть. Однако для фамилий центральной России такое заимствование нехарактерно, и версия с русским глаголом выглядит убедительнее.

В ономастических справочниках фамилия не частотна. Встречается в основном в Поволжье и некоторых областях центральной России, но без ярко выраженного гнезда. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян или посадских людей не позднее XVII—XVIII веков, когда прозвища переходили в наследственные фамилии. Выгановы не принадлежали к дворянству — это рядовая, «низовая» фамилия, каких тысячи.

Интересная деталь: в старых документах фамилия могла писаться через «о» — Выгонов, от слова «выгон» (пастбище). Но форма Выганов отличается ударением на второй слог (ВыгАнов), что прочнее связывает её именно с глагольным корнем, а не с существительным «выгон». Если предки носили прозвище Выган, то, скорее всего, они жили в местности, где слово «выгать» было в ходу, и окружающие легко узнавали этого человека по голосу или занятию.