Фамилия Вырко хранит в себе сразу несколько возможных значений, и каждое из них по-своему интересно. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Вырий. В старых тверских и псковских говорах «вырей» — это колдун или ворожея, то есть человек, владеющий тайными знаниями. В малороссийских диалектах слово «вирiй» (вырей) имело совсем другое значение — сказочный загадочный край, земной рай, теплые страны, волшебное царство. Такая двойственность открывает простор для двух разных версий происхождения фамилии.

Согласно первой, прозвище Вырий давали знахарю, народному целителю, колдуну. Вторая версия — более светлая: родители могли назвать сына Вырием, желая ему счастливой судьбы, удачи и благополучной жизни, как в том самом сказочном краю. Оба объяснения имеют право на существование, но первое (связь с колдовством) встречается в ономастике чаще: прозвища, данные по занятию или необычной способности, легко закреплялись за родом.

Суффикс -ко в фамилии Вырко — типичный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. Он указывает на уменьшительно-ласкательную форму или на принадлежность: Вырко буквально значит «маленький Вырий» или «сын Вырия». Такая модель образования (основа + -ко) была очень распространена в XVI–XVII веках, когда прозвища и мирские имена превращались в наследственные фамилии. Поэтому географически фамилия Вырко скорее всего зародилась на западнорусских или украинских землях.

Со временем прозвище Вырий, изначально присоединённое к личному имени, полностью заменило его сначала в быту, а потом и в официальных документах. Фамилия Вырко — это своего рода «паспорт» предка, который либо лечил людей и знал заговоры, либо был назван в честь светлой и счастливой мечты. Поскольку точных письменных свидетельств о конкретном носителе не сохранилось, обе трактовки остаются равноправными рабочими гипотезами.