Фамилия Вышенков — типичная русская фамилия, образованная от прозвища или мирского имени. Её основа — слово «Вышенок», которое, скорее всего, связано с понятием «вышина», «высокий». Вероятнее всего, прозвище указывало на внешнюю примету: большого, высокого ростом человека. Впрочем, в крестьянской среде такие прозвища нередко давали и с иронией — маленькому, низкорослому человеку, чтобы подчеркнуть обратное.

Менее распространённая, но возможная версия — топографическая. Человек мог жить на возвышенности, на холме, и соседи называли его Вышенком по месту жительства. Не стоит сбрасывать со счетов и социальный оттенок: «высоким» могли прозвать человека, занявшего видное положение на службе или в общине.

Сама фамилия образована по продуктивной модели на -ов, что означает «чей?» — то есть сын или потомок Вышенка. В русских говорах слово «вышенок» могло быть и уменьшительной формой от «вышня» (так в некоторых регионах называли вишню), но эта версия менее вероятна, так как тогда фамилия писалась бы через «и» — Вишенков.

С точки зрения географии, фамилия Вышенков встречается преимущественно в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает её связь с диалектными особенностями русского языка. Сословных границ у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и служилые люди.