Фамилия Вышников — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе несколько возможных объяснений. Самое прямое и очевидное — связь с прилагательным «вышний», то есть «верхний, возвышенный, небесный». В старину это слово имело и конкретный географический смысл: «вышним» могли называть человека, жившего в верхней части села, на возвышенности или у верхнего течения реки. Такое прозвище — Вышник — и дало начало фамилии через стандартный суффикс принадлежности -ов: «сын Вышника».

Однако есть и другая, более редкая версия, связанная с ремеслом. В некоторых говорах «вышником» называли мастера, который занимался вышивкой или выделкой ткани — от глагола «вышить» или «вышивать». Это объяснение менее распространено в ономастических справочниках, но его нельзя отбрасывать: в русских фамилиях на -ник нередко закреплялись названия профессий (сапожник, плотник). Если допустить, что исходная форма была Вышник, а не Вышний, то фамилия могла означать «сын вышивальщика» или «сын мастера по вышивке».

Суффикс -ов в фамилии Вышников указывает на её происхождение в северных и центральных районах России, где эта модель была основной для крестьянских и мещанских фамилий. В южных и западных регионах чаще встречалась бы форма Вышниченко или Вышниковский.

Спор между двумя версиями — прозвище по месту жительства или по занятию — не решается однозначно. Но первая, топонимическая, кажется более естественной: прилагательное «вышний» было в ходу, а прозвища по месту жительства давали сплошь и рядом. В пользу ремесленной версии говорит то, что фамилия не слишком частая, а редкие профессиональные прозвища лучше сохраняются в фамилиях, чем популярные.

Однокоренные фамилии — Вышнев, Вышняков, Вышнепольский — чаще связаны с тем же корнем «выш-», но каждая имеет свою историю. Вышников стоит особняком: его форма с суффиксом -ник, а не -н(ев) или -няк, намекает на то, что основа была не прилагательным, а существительным. Это косвенно поддерживает версию о ремесле, хотя окончательного вывода здесь нет.