Фамилия Вышнекова образована от прозвища или мирского имени, связанного со словом «вишня». В старину так могли назвать человека, который разводил вишнёвые сады, торговал ягодами или жил в местности, богатой вишнёвыми деревьями. Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: Вышнеков буквально означает «сын Вышнека» или «из рода Вышнековых». Само прозвище Вышнек — это уменьшительно-ласкательная форма от «вишня», типичная для русских говоров, где чередование «и/ы» (вишня — вышня) встречается в диалектах.

Такая модель образования фамилий — от названий растений, плодов или деревьев — широко распространена у восточных, западных и южных славян. Параллели легко найти: Вишневский, Вишняков, Вишенков. Ударение в фамилии Вышнекова падает на второй слог (Вышне́кова), что отличает её от более частого варианта Вишнеков и подсказывает диалектное происхождение — скорее всего, из южнорусских или белорусских говоров, где «вышня» звучало естественно.

Сложность в том, что основа «вышн-» могла возникнуть и не от дерева. В некоторых русских диалектах «вышня» означала «возвышенность», «высокое место». Тогда прозвище Вышнек давали человеку, жившему на холме или отличавшемуся высоким ростом. Обе версии лингвистически правдоподобны, но «вишнёвая» гипотеза встречается чаще: фамилии от названий растений в крестьянской среде были особенно распространены, а прозвища по месту жительства обычно оформлялись суффиксами -ский/-ской (Вышнегорский, Вышнепольский).

Сословная принадлежность у Вышнековых не закреплена: в документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются и среди крестьян (особенно в Тульской, Рязанской, Калужской губерниях), и среди мещан. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в пределах одного-двух уездов, где прозвище Вышнек вошло в обиход и закрепилось как родовое имя.