Фамилия Вышняков образована от прозвища или нецерковного имени Вышняк. В русских говорах «вышняк» — это вишнёвый сад или вишнёвое дерево, а в некоторых областях так называли молодую поросль вишни. Человек мог получить такое прозвище, если жил возле вишнёвого сада, занимался разведением вишни или просто был владельцем заметного вишнёвого участка. Реже прозвище Вышняк давали по внешности: смуглому или румяному, как вишня, человеку.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Вышняков буквально значит «сын Вышняка» или «потомок Вышняка». Фамилия относится к числу «ботанических» — таких, как Вишняков, Сливкин, Грушевский. Интересно, что форма Вышняков встречается реже, чем Вишняков, хотя корень один. Разница в огласовке: «вышня» — это диалектный вариант слова «вишня», характерный для южнорусских и украинских говоров. Поэтому фамилия Вышняков чаще всего указывает на южное происхождение предков — из областей, где в речи закрепилось «вы» вместо «ви».

В документах фамилия фиксируется с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Рязанском, Тамбовском и Воронежском краях. В дворянских родословных Вышняковы не отмечены — это фамилия преимущественно крестьянская и мещанская. В XIX веке носители фамилии расселились шире, но ядро осталось на юге России.