Фамилия Вышнякова — женская форма фамилии Вышняков, и её происхождение напрямую связано с основой «вышняк». В русских говорах вышняком называли вишнёвое дерево, вишнёвый сад или просто вишню. Соответственно, прозвище Вышняк могли дать человеку, который жил у вишнёвого сада, разводил вишню или торговал ею. В некоторых диалектах слово «вышняк» означало ещё и «высокий, худощавый человек» — по аналогии с тонким стволом вишни. Оба значения могли стать источником фамилии, но первое, «садовое», встречается чаще.

Суффикс -ов в основе Вышняков указывает на типичную модель образования русских фамилий: от прозвища или имени отца через притяжательное прилагательное. Вышняков — буквально «сын Вышняка». Фамилия недворянская, крестьянская или купеческая по происхождению: такие фамилии на -ов массово закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, хотя отдельные упоминания встречаются и раньше.

Интересна географическая привязка. Фамилия Вышняков и её женская форма Вышнякова характерны для центральных и южных регионов России — там, где вишнёвые сады были распространены исторически: Тульская, Рязанская, Воронежская области. В говорах этих мест слово «вышняк» активно употреблялось, что и дало фамилии устойчивую почву. В северных и сибирских регионах она встречается реже, обычно как результат миграции.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Вышняков стоит в одном ряду с Вишняковым, Вишневским и Вышенским. Разница в корне: «вишн-» и «вышн-» — это фонетические варианты одного слова, но «вышн-» — более архаичная форма, сохранившаяся в диалектах. В письменных источниках XVIII–XIX веков можно встретить написание «Вышняков» и «Вишняков» как взаимозаменяемые, но к XX веку они разошлись в самостоятельные фамилии.

Сословная принадлежность предков Вышняковых, скорее всего, была крестьянской или мещанской. В документах переписей и ревизских сказок эта фамилия фигурирует среди однодворцев и государственных крестьян южных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение.