Фамилия Вошнякова — женская форма фамилии Вошняков, и её разбор стоит начать с основы, которая неочевидна на первый взгляд. Вопреки возможной ассоциации с глаголом «вошить» (надевать, вдевать) или словом «вошь», корень здесь, скорее всего, иной. Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «вошняк» — так в некоторых русских говорах называли растение, известное как василёк или синеголовник. Прозвище Вошняк мог получить человек, живший в местности, изобиловавшей этим растением, или же занимавшийся его сбором для хозяйственных нужд — например, для окрашивания тканей или как лекарственное средство.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к прозвищу или мирскому имени, указывая на принадлежность («чей?» — сын Вошняка). Таким образом, Вошняков — это потомок человека по прозвищу Вошняк. Фамилия фиксируется в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях, что косвенно подтверждает диалектную природу основы: именно в этих областях слово «вошняк» в значении «василёк» было особенно распространено.

Встречается и альтернативная гипотеза: связь с прозвищем Вошня, которое могло указывать на неопрятного или бедного человека (от «вошь»), но она менее убедительна. Суффикс -няк в русских прозвищах часто образовывал названия по характерному признаку или занятию (сравните: «глушняк» — глухой человек, «черняк» — смуглый), и растениеводческая версия для «вошняка» выглядит семантически более конкретной и распространённой в ономастике. Сословная принадлежность носителей фамилии не закреплена: Вошняковы встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в купечестве, что говорит о бытовом, а не аристократическом происхождении.

Стоит отметить, что фамилия Вошнякова — нечастая, и её носители, как правило, имеют корни в тех регионах, где диалектное слово было в ходу. В современных справочниках она не фигурирует среди массовых, но сохраняет связь с народной ботанической лексикой, что делает её любопытным примером русской фамилии-растения.