Фамилия Яблоненко звучит на слух как украинская, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — типичный патронимический (указатель на родство) для восточной Украины. Он означает «чей-то сын» или «потомок кого-то». В отличие от русских фамилий на -ов, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), украинские фамилии на -енко в XVI–XVII веках стали массово обозначать потомка по профессии, прозвищу или имени. Яблоненко — не исключение.

Основа фамилии — «яблоня» (яблуня). Но здесь есть нюанс. Прямое значение — «потомок того, кто связан с яблоней». Вряд ли предка назвали просто по дереву. Скорее, прозвище Яблоня (или Яблуня) давали человеку, который жил возле яблоневого сада, выращивал яблоки, торговал ими или имел сад как заметный ориентир. В украинских сёлах такие прозвища были распространены: человека могли назвать по объекту, который его окружал или кормил. Возможна и вторая версия: прозвище могло быть ироническим — высокому, худому или, наоборот, круглолицему человеку.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду с Яблонским, Яблочковым и Яблоновским. Но суффикс -енко сразу сдвигает её в другую социальную среду. Фамилии на -енко в основном носили казаки, крестьяне и мещане Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). Яблоненко — фамилия не аристократическая, а народная, что подтверждается её прозрачной, «говорящей» основой.

Географически фамилия концентрируется в центральных и восточных областях Украины, реже встречается в России, куда её занесли переселенцы. В документах XVIII–XIX веков Яблоненко могли записывать и как Яблуненко, в зависимости от местного говора (на Полтавщине «яблуня», на Слобожанщине ближе к «яблоня»). Это объясняет разнобой в написании, который встречается и сейчас.

В итоге: Яблоненко — украинская фамилия, образованная от прозвища, связанного с яблоней. Предки носителя — скорее всего, крестьяне или казаки, занимавшиеся садоводством или жившие у приметного яблоневого сада.