Фамилия Яблонин — редкая, но прозрачная по смыслу. Её основа — слово «яблоня», а суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — сын или потомок Яблони. Правда, вряд ли предка звали Яблоней в прямом смысле: в древнерусской антропонимии такие «растительные» имена изредка встречались, но чаще фамилии образовывали от прозвищ, связанных с местом жительства или занятием.

Самая вероятная версия — прозвище Яблоня дали человеку, жившему у яблоневого сада или владевшему им. В центральных и южных губерниях России, где яблоневые сады были промыслом (например, в Курской, Орловской, Тульской), такое прозвище могло закрепиться за садоводом или торговцем яблоками. Менее вероятно, но возможно, что прозвище носило ироничный характер — так могли назвать человека с румяными щеками или круглой, как яблоко, головой.

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов женского рода (ср. Баранин — от баранина, но в основе всё равно мужское прозвище). Важно не путать с похожей фамилией Яблонов, где суффикс -ов указывает на мужской род основы (Яблон). Яблонин — более редкий вариант, он не попал в массовые списки дворянских или купеческих родов, что говорит о крестьянском или мещанском происхождении большинства носителей.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Яблонин не упоминается отдельно, но модель разбирается на примере других «садовых» фамилий (Вишнин, Смородинин). Географически фамилия встречается точечно: по данным современных телефонных справочников, чаще всего — в Поволжье и на Урале, куда переселенцы из центральных губерний могли принести прозвище вместе с саженцами яблонь.

Коротко: предки носителя фамилии Яблонин, скорее всего, были садоводами или жили у яблоневого сада, а сама фамилия образована через суффикс принадлежности -ин от прозвища Яблоня.