Фамилия Ячейко — один из примеров украинской модели фамилий с суффиксом -енко, но в сокращённой форме. Полная версия звучала бы как Ячейченко, однако на практике закрепился усечённый вариант Ячейко. В украинской ономастике такие формы встречаются: от основ на -й иногда отбрасывают часть суффикса, чтобы избежать громоздкого звучания. Сравните: Ковальченко и Ковалько, Пономаренко и Пономарко.

Основа фамилии — слово «ячейка» или «ячейко» в диалектном значении. В южнорусских и украинских говорах так называли небольшую клеть, кладовку, отсек в амбаре. Прозвище Ячейка могли дать человеку, который жил в тесном помещении, работал при складе или отличался запасливостью. Другая версия связывает фамилию с украинским «ячати» — кричать, шуметь, но она менее убедительна: суффикс -ейк- чаще указывает на предмет, а не на действие.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черниговщине — регионам, где фамилии на -енко и их усечённые варианты особенно распространены. Встречается также в Беларуси и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (Иван — Иванов), модель на -ко изначально была уменьшительной и семейной. Ячейко буквально означало «маленький Ячейка» или «сын Ячейки». Со временем прозвище закрепилось как наследственное, и связь с конкретным предком-владельцем клети или амбара стёрлась.

Интересная деталь: в письменных источниках XIX века фамилию могли записывать двояко — Ячейко и Ячейка, в зависимости от того, как говорящий склонял слово. В современных документах закрепилась форма Ячейко, которая не склоняется как типичная украинская фамилия на -о.