Фамилия Яфутов — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа не имеет славянских корней, и это сразу подсказывает, что перед нами не прозвище от ремесла или внешности, а скорее всего, адаптированная восточная фамилия. Наиболее вероятная версия — происхождение от еврейского мужского имени Йоффе или его варианта Яфут. Имя Йоффе (от ивритского «яфэ» — красивый) было распространено среди евреев Восточной Европы, а в Российской империи, особенно в черте оседлости, такие имена нередко русифицировали через добавление суффикса -ов, превращая их в фамилии. Таким образом, Яфутов могло означать «потомок Яфута».

Модель образования здесь классическая для русских фамилий — суффикс -ов, указывающий на принадлежность к роду. Но основа Яфут- нехарактерна для славянских говоров, что и делает фамилию маркером миграции или ассимиляции. Альтернативные версии, например, от тюркского слова «яфут» (якобы «быстрый» или «ветер»), лингвистически слабы: в тюркских языках нет устойчивой лексемы с таким звучанием, а фамилий с корнем «яф» в татарских или башкирских антропонимиконах практически не встречается.

Географически Яфутовы, скорее всего, происходят из западных губерний России — территорий современной Беларуси, Украины или Молдовы, где в XIX веке была высока концентрация еврейского населения. Фамилия могла возникнуть при переписи или записи в метрические книги, когда чиновник адаптировал имя под привычную форму. Сословно носители были мещанами или купцами — среди еврейских фамилий на -ов редко встречаются крестьяне, так как евреи в основном жили в местечках и занимались ремеслом или торговлей.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет. Можно вспомнить разве что Йоффе — без суффикса, но с той же основой. Встречается также вариант Яфутовский, но он ещё более редок. Если ваша фамилия Яфутов, то с высокой долей вероятности предки носили имя Яфут или Йоффе, а сама фамилия — свидетельство культурного и языкового перехода, когда восточное имя обрело славянскую форму.