Основой фамилии Ягодкин послужило мирское имя Ягодка. Мирское имя Ягодка восходит к аналогичному нарицательному. Слово «ягодка» в старину нередко употреблялось как ласковое именование, а потому Ягодкой, скорее всего, прозвали горячо любимого ребёнка. Также возможно, что в основе фамилии лежит не мирское имя, а прозвище Ягодка, которое получил человек цветущего вида. Поэтому Ягодкой в народе могли прозвать человека с пухлыми румяными щеками. Однокоренные именования уходят своими корнями в глубокую древность, о чем свидетельствует запись в одном из исторических документов: крестьянин Ивашка Ягода(1495 год). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ягодка, со временем получил фамилию Ягодкин.