Фамилия Яготана — редкая и нестандартная для русского слуха. Сразу бросается в глаза её окончание, которое не укладывается в привычные модели русских фамилий. В русской ономастике фамилии на -а, как правило, либо склоняются как существительные (типа Борода, Сорока), либо являются украинскими или белорусскими по происхождению. Однако Яготана — скорее всего, фамилия не славянская, а искусственная или заимствованная, возникшая в результате канцелярской фиксации или адаптации иноязычного имени.

Наиболее вероятная версия — фамилия происходит от тюркского или кавказского имени Ягут, Ягута, Ягота, что в переводе может означать «драгоценный камень», «рубин» или «яхонт». В тюркских языках слово «якут» (яхонт) было распространённым личным именем, особенно у народов Поволжья и Кавказа. Прибавление окончания -ана могло произойти при русификации: так, например, из имени Ягота могли сделать фамилию Яготана по аналогии с «Иванов — Иванова», но в женском роде, а затем закрепить её как неизменяемую. Либо это вариант фамилии, образованной от прозвища «Ягота» (уменьшительное от Яков или Ягода) с прибавлением суффикса -ан, что встречается в южнорусских говорах (ср. Голован, Усач).

Географически фамилия Яготана встречается крайне редко, в основном в документах XIX–XX веков на юге России, в Закавказье и у поволжских татар. Носителями могли быть крещёные татары или армяне, переселенцы, чьи имена записывали на русский лад. Второй вариант — фамилия могла возникнуть в среде казачества или однодворцев, где при переписи искажали фамилию на слух, добавляя лишние слоги.

Разбирать словообразовательную модель в классическом русском ключе здесь трудно: суффикса -ов/-ев нет, -ин тоже не прослеживается. Фамилия склоняется как существительное женского рода (Яготана, Яготаны, Яготане), но может быть и неизменяемой, если считать её заимствованной. Это указывает на её позднее оформление — скорее всего, в XIX веке, когда фиксировали фамилии по паспортам.

Если сравнивать с однокоренными, то в русских архивах встречаются фамилии Яготин, Ягутов, Ягодкин — все они связаны с ягодой или именем Яков. Яготана стоит особняком: она не уменьшительная и не притяжательная, а скорее описательная, от личного имени, которое давали по драгоценному камню. Для человека, ищущего корни, стоит обратить внимание на метрические книги Казанской, Астраханской или Ставропольской губерний — там могли записать предка как «Ягота» или «Ягут», а затем фамилия обросла окончанием.