Фамилия Яхенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок». В основе лежит личное имя Яхно или его форма Яха, которые являются производными от канонического имени Иаков (церковное Яков). В украинском языке имя Яков через народные формы Яхно, Яхва, Яша дало целое гнездо фамилий: Яхненко, Яхновский, Яхнич. Яхенко — это вариант, где суффикс -енко крепится к краткой основе Ях-.

Вторая, менее распространённая версия, отталкивается от диалектного слова «яхнути» — ударить, стукнуть. В этом случае прозвище Яхно мог получить человек с резким, порывистым характером или, наоборот, силач. Но такая этимология менее вероятна: фамилии на -енко в подавляющем большинстве образуются от имён, а не от глаголов.

Фамилия Яхенко — относительно редкая. Её география сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда фамилия попала с волнами переселений крестьян в XIX веке. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях.

Интересно, что фамилия Яхенко могла писаться по-разному в зависимости от местного произношения: встречаются формы Яхинко, Яхонко, но именно вариант с буквой «е» в суффиксе стал литературной нормой. По сути, носитель фамилии Яхенко — потомок человека по имени Яхно, то есть Якова.