Фамилия Яенко — один из тех случаев, где на слух всё ясно, а при разборе начинаются вопросы. Корень «Я-» короткий, а суффикс «-енко» — типичный украинский патронимический (указывающий на происхождение от отца). Казалось бы, ответ на поверхности: Яенко — это «чей?» — «Яев сын», то есть сын человека по имени Яй или Яя. Но таких имён в святцах нет, и это первая загадка.

Самая правдоподобная версия — фонетическое стяжение. Фамилия могла возникнуть от полной формы Янченко или Яковенко. В украинских говорах «н» перед «к» иногда выпадает, а гласные редуцируются: Яковенко → Яквенко → Яенко. Подтверждение этому — существование фамилии Яценко (от Яц, уменьшительного от Яков) и параллельных форм вроде Яненко. Если предка звали Ян (польское или белорусское уменьшительное от Иван) или Яць (Яков), то «Яенко» — это «внук Яна», прошедший через упрощение.

Менее вероятная, но не исключённая версия — прозвищное происхождение. В южнорусских и украинских говорах «яя» или «яй» могло быть звукоподражанием или детским словом. Однако доказательств, что такое прозвище закрепилось как фамилия, нет. Ономастика (в частности, словарь украинских фамилий Ю. Редько) склоняется к варианту с усечением от канонических имён.

Географически фамилия Яенко встречается в центральных и восточных областях Украины — Полтавщина, Черкащина, Сумщина. Это регионы, где активно работала модель «-енко», а имена Яков и Иван были самыми распространёнными. В России фамилия редкая, встречается в основном у потомков переселенцев с Украины.

Таким образом, носитель фамилии Яенко с высокой вероятностью потомок человека по имени Ян, Яков или Иван, а фамилия прошла через естественное языковое сокращение. В отличие от громоздких «Яковенко», эта форма звучит лаконичнее, но хранит ту же родовую память.