Фамилия Якима — редкий случай в русской ономастике: она сохранила форму, которая почти не изменилась с XV–XVI веков. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов, -ев или -ин, Якима стоит в чистой, «непричёсанной» форме родительного или именительного падежа. Это так называемая «полуотчество» или фамилия-прозвище, застывшая без суффикса принадлежности.

Основа фамилии — каноническое имя Иоаким. В древнерусском обиходе начальное «И» часто отпадало, а «о» после мягкого согласного переходило в «а»: Иоаким → Аким → Яким. Форма Якима — это либо краткий вариант имени в именительном падеже (когда человека звали просто Якима, как Савва или Никита), либо, что вероятнее, родительный падеж от прозвища Яким: «сын Якимы» со временем превратилось в фамилию Якима. Такая модель образования без суффикса характерна для украинской и белорусской традиции, но встречается и в южнорусских говорах.

Имя Иоаким (в переводе с древнееврейского — «поставленный Богом», «Бог воздвигает») было распространено на Руси благодаря церковному почитанию святого Иоакима, отца Богородицы. Однако в крестьянской среде имя часто приобретало бытовые, уменьшительные формы. Якима могло быть не только полным именем, но и прозвищем — так могли назвать угрюмого, молчаливого или, наоборот, упрямого человека, по ассоциации с библейским персонажем или просто по созвучию с диалектным словом. В некоторых говорах «яким» означало «простофиля», «растяпа» — впрочем, эта версия менее надёжна, так как имя было слишком распространено, чтобы за ним закрепилось exclusively бранное значение.

Географически фамилия Якима тяготеет к западным и южным областям России, а также к Беларуси и Украине. Встречается она редко, и это говорит о том, что фамилия не прошла через канцелярскую стандартизацию XIX века, когда большинству крестьян «приписывали» типовые окончания. Носитель фамилии Якима, скорее всего, происходит из семьи, где имя предка (Яким) было настолько значимым, что закрепилось в неизменной форме как родовое прозвище, минуя суффиксальное оформление. По сословной принадлежности — почти наверняка крестьяне или мещане, реже — однодворцы, так как дворянские фамилии такой модели в России практически не встречаются.