Фамилия Якимочкина — женская форма фамилии Якимочкин, и в её основе лежит не прозвище и не профессия, а календарное имя. Корень здесь — Иоаким (в русском обиходе — Яким, Аким), древнееврейское имя, означающее «Бог восставил» или «поставленный Богом». Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом принадлежности -ин: от имени Якимочка (ласкательная форма от Яким) — «чей?» — Якимочкин, то есть сын или потомок Якимочки.

Интересна именно цепочка уменьшительных суффиксов. В имени Яким сначала добавился суффикс -очк-, который в русской антропонимии XVI–XVII веков был не просто ласкательным, а часто указывал на молодого или младшего члена семьи (Якимочка — «маленький Яким» или «Яким-младший»). Затем к этой основе прирос фамильный -ин. Такая многоступенчатая модель встречается реже, чем простые отчества от полных имён, и говорит о том, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно под этим уменьшительным именем — возможно, в документах его записывали как Якимочка, а не Яким.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России: Архангельская, Вологодская, Костромская, а также бывшая Вятская губерния. В этих местах имя Яким (Аким) было особенно распространено среди крестьян и посадских людей. В писцовых книгах XVII века встречаются записи вроде «Якимочка Фёдоров, крестьянин» — именно такие люди и становились родоначальниками фамилии.

Сословно Якимочкины, скорее всего, происходят из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и в списках столбового дворянства нет — это «народная» фамилия, которая закрепилась в среде, где отчество на -ин было основным способом именования потомства. Варианты написания (Якимочкин/Якимочкина) устойчивы, без диалектных искажений, что указывает на сравнительно позднюю фиксацию фамилии в метриках — скорее всего, не раньше XVIII века, когда церковь стандартизировала записи.