Фамилия Якимсева — женская форма редкой фамилии Якимсев. Её основа почти наверняка восходит к имени Яким — народной, разговорной форме канонического имени Иоаким (в переводе с древнееврейского «поставленный Богом»). В русском языке имя Иоаким дало целый ряд производных: Аким, Еким, Яким. Именно вариант Яким был особенно распространён в северных и центральных губерниях России, а также на Урале.

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Если бы фамилия образовалась по стандартному патронимическому принципу от имени Яким, мы бы получили Якимов (чей? — сын Якима). Но Якимсев — иная конструкция. В ней появляется суффикс -ец или -сев, что указывает на более сложную цепочку. Скорее всего, сначала от имени Яким образовали прозвище или уменьшительное Якимец (человек, связанный с Якимом, либо его потомок). А уже от него, по модели «чей сын?» — Якимцев. Однако в некоторых говорах, особенно под влиянием местных диалектных чередований, форма Якимцев могла упроститься или измениться в Якимсев. Вторая версия: суффикс -сев мог возникнуть из старой притяжательной формы Якимов сын, где «сын» со временем редуцировался до -сев, но это менее вероятно для русской ономастики.

Географически фамилия Якимсев (и её женская форма Якимсева) — редкая и локальная. Основные упоминания встречаются в документах по Вологодской и Архангельской областям, а также в Пермском крае. Это согласуется с тем, что имя Яким было особенно популярно именно на Русском Севере и в Приуралье. Носительницы фамилии Якимсева, таким образом, с высокой вероятностью имеют предков из этих регионов.

Сословный состав предков мог быть разным: чаще всего это были государственные или черносошные крестьяне, реже — посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Интересно, что фамилия не встречается в массовых списках однодворцев южных губерний, что дополнительно подтверждает её северное происхождение.